A régészeti gyűjtemény darabszáma nem nagy, hiszen a kalocsai múzeumnak hét évtizeden keresztül nem volt régész múzeológusa. A gimnázium történeti szertárából átkerült néhány tárgy mellett értékes darabok kerültek a múzeumba Homokmégy-Halom avar- és honfoglalás-kori temetőjéből. Ezek között található egy rovásírásos csontlemez.
A Kalocsai Sárköz földrajzi adottsága, hogy nem tartozott sem a Dunántúlhoz, sem az Alföldhöz, hanem a kettő közötti átmenetet képezte. A Duna nem választóvonalat, hanem összekötő kapcsot jelentett e tájegységek és lakói között. Történelmi meghatározottságát is e földrajzi feltétel adja. Mindezek következtében a Kalocsai Sárköz régészeti leletekben nagyon gazdag, s mindezek ellenére szisztematikus ásatás kevés volt, a legtöbb lelőhelyen csak leletmentés folyt.
Az első datálható és igen értékes lelet az 1859-es bödpusztai szkír sír. Kalocsa érsekeinek megbízásából a Főszékesegyháznál végzett ásatást 1869-1870-ben Henszlmann Imre, 1907-1912-ben Petrovácz Gyula és Foerk Ernő. 1936-ban László Gyula tárta fel a Homokmégy-halomi késő avar temetőt. Az 1950-es években Laszczik Ernő, Komáromy József, Cs.Sós Ágnes és Zalotay Elemér kutatott a homokmégy-halomi Honfoglalás-kori temetőben. Fajsz, Dusnok és Hajós térségében Kőhegyi Mihály, Császártöltésen Wicker Erika vezetett ásatásokat. Kisüllésen 1975-1978-ban Bognárné Kutzián Ida és Horváth Attila, 1995-ben Dusnokon valamint Fajszon Szekeres László és Pintér László ásott. Biczó Piroska belvárosi ásatásai, valamint Kulcsár Valéria, V. Székely György és Romsics Imre belvárosi leletmentései fontos régészeti emlékeket tártak föl. Meg kell említeni az amatőr D. Szabó Kálmánt, aki a Kalocsai Sárköz minden kiemelkedését bejárta, s csak korai halála hiúsította meg egy régészeti kataszter összeállításában.
A korábbi időszakkal ellentétben, az ezredforduló éveiben számos ásatást és terepbejárást szerveztünk a kalocsai múzeum gyűjtőterületén, amelyek jelentősen gazdagították gyűjteményeinket és bővítették ismereteinket. Az ásatásokat vezető régészek: Gallina Zsolt (Homokmégy, Kalocsa), Kustár Rozália (Fajsz, Harta, Hajós, Drágszél, Homokmégy, Öregcsertő, Újtelek), Lantos Andrea (Harta, Öregcsertő, Szakmár), Nagy Dániel (Harta, Kalocsa), Somogyvári Ágnes (Dusnok, Harta), V. Székely György (Dunapataj), Wicker Erika (Harta).
Belváros - Kalocsa
Felsőzátony - Dunapataj
Főszékesegyház - Kalocsa
Freifelt - Harta
Gátőrház - Harta
Halomi hegy
Szabó Kálmán régészeti hagyatéka
Székesi temető - Homokmégy
Szülei lyuk - Harta
Tóhalom